Para garantir a aderência às regras de funcionamento dos mercados, a instituição possui uma estrutura independente para a Autorregulação. Com autonomia de gestão, a Diretoria de Autorregulação não se reporta ao presidente da Cetip, mas sim ao Conselho de Autorregulação, composto por membros independentes da empresa.

Alinhada com a Instrução nº 461 da Comissão de Valores Mobiliários (CVM), a área é responsável pela fiscalização e supervisão das operações realizadas nos mercados atendidos pela Cetip. Verifica os negócios cursados em seu ambiente, bem como as operações registradas e realizadas, assegurando a sua permanente aderência às leis e aos regulamentos vigentes. Também tem como responsabilidades expedir normas, sob a forma de deliberações e pareceres de orientação, e instaurar os processos relativos ao descumprimento de suas disposições. Se necessário, a área promove julgamento de casos e a imposição das penalidades cabíveis.

A Cetip mantém, ainda, um sistema que registra e atualiza os parâmetros de monitoramento dos seus mercados, de forma a ressaltar todas as operações que, eventualmente, se afastem dos padrões estabelecidos.

Considerado uma referência em todo o mundo, este modelo é estudado por inúmeros países. A companhia é constantemente procurada por pesquisadores, instituições e órgãos reguladores de diversas nações.